1.1.5. Chế độ thuỷ văn
Khu vực VQG nằm gọn trong l�ưu vực của c�c d�ng s�ng suối: R�o Thương, s�ng Ch�y, s�ng Tro�c, s�ng Son... đều l� thượng nguồn của s�ng Gianh. VQG bao gồm một v�ng đ� v�i rộng lớn, v� thế hiện tư�ợng nư�ớc chảy ngầm l� phổ biến. Tr�n mặt đất c� một số khe suối nhỏ đổ v�o R�o Thư�ơng, chảy lộ thi�n như�ng bị ngắt qu�ng khi chảy ngầm qua c�c hang động, sau khi quy tụ lại chảy về s�ng Ch�y, s�ng Tro�c v� hợp lư�u v�o s�ng Son rồi đổ v�o thư�ợng nguồn s�ng Gianh. M�a m�ưa, c�c suối cạn c� nư�ớc d�ng cao, tạo d�ng chảy lớn v� lũ cục bộ, nh�ưng sau cơn m�ưa nư�ớc r�t rất nhanh qua c�c "mắt h�t". M�a lũ từ th�ng 9 đến th�ng 11 tr�ng v�o những th�ng mư�a lớn nhất. Lũ lớn th�ường xuất hiện v�o giữa th�ng 9 v� th�ng 10.
Ngo�i m�a mư�a lũ ch�nh, s�ng Son c�n chịu ảnh hư�ởng của đợt mư�a phụ (mư�a tiểu m�n) v�o c�c th�ng 5, 6. M�ưa tiểu m�n đ�i khi g�y lũ lụt lớn. Khi lũ lụt n�ước s�ng Son mang nhiều ph� sa, bồi đắp cho c�c dải đất ven bờ v� l�m biến dạng d�ng s�ng do hiện tượng "bồi, lở".
M�a n�ước cạn v�o c�c th�ng 1-7, c�c khe suối nhỏ trở th�nh "khe chết". S�ng Ch�y v� s�ng Son c� mực n�ước rất thấp v� d�ng chảy tối thiểu.